[Comparative and evolutionary genomics of lancelet, chordates and vertebrate animals] Сравнительная и эволюционная геномика ланцетников, хордовых и позвоночных животных

Lancelets, or amphioxi, found in warm seas are the only living representatives of the subphylum Cephalochordata. Their genome research is helpful in making inferences about chordate evolution and phylogeny. The cephalochordate lineage, with a fossil record dating back to the Cambrian period, has been characterized as having a slow evolutionary rate, first noticed at a phenotypic level and later at a genomic level. It is this slow divergence, as well as its phylogenetic position as the basal chordate group, that makes amphioxus a useful proxy for investigating chordate evolution. Whole genome comparisons for three chordate groups including lancelets, tunicates and vertebrates have elucidated their phylogenetic relationships. Whilst comparison of conserved gene families has shown that where the amphioxus genome contains a basic set of genes (e.g., for cell signaling), vertebrates often have 2, 3 or 4 paralogs derived from two whole genome duplication events, conserved across this very wide phylogenetic distance.

Ланцетники (Amphioxus), обитающие в теплых морях, являются единственными живыми представителями подтипа головохордовых (Cephalochordata). Исследования их генома помогают сделать выводы об эволюции и филогении всех хордовых. Ветвь головохордовых животных, окаменелости которых относятся к кембрийскому периоду, характеризуется медленной скоростью эволюции, что сначала было выяснено на фенотипическом, а затем и на геномном уровне. Именно эта медленная дивергенция ланцетников, а также их филогенетическое положение в качестве базальной хордовой группы, делают их незаменимыми для исследования эволюции хордовых. Полногеномное сравнение трех групп хордовых, включая ланцетников, оболочников и позвоночных, способствует уточнению филогенетических отношений между ними. В то время как сравнение консервативных семейств генов показало, что в тех случаях, когда геном ланцетников содержит базовый набор генов (например, для передачи сигналов клеток), позвоночные животные часто имеют два–четыре паралога, возникших в результате двух событий дупликации всего генома, которые являются консервативными на очень большом филогенетическом расстоянии.