[Bioinformatics analysis of the genome of E. faecalis E10 strain isolated from cow endometrium] Влияние глифосата и антибиотиков на экспрессию генов, связанных с продуктивностью, антиоксидантной защитой и гистологическим барьером в слепой кишке бройлеров

Studying the microbiome of the cow's reproductive system is crucial for maintaining the animals' reproductive capacity. In 2025, the E. faecalis E-10 strain was isolated from the endometrium of a healthy Ayrshire cow kept at the Valaam Monastery eco-farm. The aim of the study was a whole-genome analysis of the strain using the MiSeq sequencer (Illumina, Inc., USA) and bioinformatics tools, including the RAST (https://rast.nmpdr.org), KEGG (https://www.kegg.jp), and Prokka (https://github.com/tseemann/prokka) databases. Whole genome analysis of the E. faecalis E-10 strain showed that the genome consists of 108 contigs and has a total length of 2,882,409 bp. Analysis of the antimicrobial activity of the strain showed that the largest growth inhibition zones (up to 29±1.5 mm) were noted for test cultures of Clostridium perfringens, Streptococcus agalactiae, Aspergillus spp. and Penicillium spp. The genes for the synthesis of organic acids were found in the genome of E. faecalis E-10, such as ldh1 and ldh2, pta1/2 and ackA, pflA/B, and fumC, frdA, and mae. Genes for resistance to oxidative and osmotic stress were also identified. These included genes encoding glutathione biosynthesis, the CoA-disulfide thiol disulfide redox system, the choline and betaine uptake system, and betaine biosynthesis. These results indicate a potential role for E. faecalis E-10 in maintaining a favorable microbial balance in the endometrium.

Изучение микробиома репродуктивной системы коров имеет решающее значение для поддержания репродуктивной способности животных. В 2025 году из эндометрия здоровой коровы айрширской породы, содержащейся на экоферме Валаамского монастыря, был выделен штамм E. faecalis E-10. Целью исследования был полногеномный анализ штамма с использованием секвенатора MiSeq (Illumina, Inc., США) и биоинформатических инструментов, включая базы данных RAST (https://rast.nmpdr.org), KEGG (https://www.kegg.jp) и Prokka (https://github.com/tseemann/prokka). Полногеномный анализ штамма E. faecalis E-10 показал, что геном состоит из 108 контигов и имеет общую длину 2 882 409 п.н. Анализ антимикробной активности штамма показал, что наибольшие зоны задержки роста (до 29±1,5 мм) были отмечены для тест-культур Clostridium perfringens, Streptococcus agalactiae, Aspergillus spp. и Penicillium spp. В геноме E. faecalis E-10 были обнаружены гены синтеза органических кислот, такие как ldh1 и ldh2, pta1/2 и ackA, pflA/B, а также fumC, frdA и mae. Также были идентифицированы гены устойчивости к окислительному и осмотическому стрессу. К ним относятся гены, кодирующие биосинтез глутатиона, тиолдисульфидную редокс-систему CoA-дисульфида, систему поглощения холина и бетаина, а также биосинтез бетаина. Эти результаты указывают на потенциальную роль E. faecalis E-10 в поддержании благоприятного микробного баланса в эндометрии.

(Sixth International Conference on Agriculture Digitalization and Organic Production (ADOP 2026): Conference Programme and Abstracts, Kaliningrad, Russia, 1–5 June 2026; pp. 42–43 / Шестая международная конференция "Цифровизация сельского хозяйства и органическое производство ADOP 2026": Программа конференции и тезисы, Калининград, Россия, 1–5 июня 2026 г. Калининград, Россия. С. 47–48 / Online version: Vol. 4, No. 1 (2026): VI International Conference on Agriculture Digitalization and Organic Production (ADOP 2026).)