Skip to main content

[Genetic variation of the NCAPG-LCORL locus in chickens of local breeds based on SNP genotyping data] Генетическая изменчивость локуса NCAPG-LCORL у кур локальных пород на основе данных SNP-генотипирования

Larkina, Tatiana A., Romanov, Michael N., Barkova, Olga Y., Peglivanyan, Grigoriy K., Mitrofanova, Olga V., Dementieva, Natalia V., Stanishevskaya, Olga I., Vakhrameev, Anatoly B., Makarova, Alexandra V., Shcherbakov, Yuri S., and others. (2021) [Genetic variation of the NCAPG-LCORL locus in chickens of local breeds based on SNP genotyping data] Генетическая изменчивость локуса NCAPG-LCORL у кур локальных пород на основе данных SNP-генотипирования. In: Materials of the 3rd International Scientific and Practical Conference / Материалы 3-й Международной научно-практической конференции "Молекулярно-генетические технологии для анализа экспрессии генов продуктивности и устойчивости к заболеваниям животных". . pp. 133-146. Sel'skokhozyaistvennye tekhnologii / Сельскохозяйственные технологии, Moscow, Russia / Москва, Россия (doi:10.18720/SPBPU/2/z21-43) (KAR id:90624)

XML Word Processing Document (DOCX) Author's Accepted Manuscript
Language: Russian
Download (46kB)
[thumbnail of !_8Ларкина и др. ВНИИГРЖ конф. MR.docx]
This file may not be suitable for users of assistive technology.
Request an accessible format
PDF Publisher pdf
Language: Russian
Download (283kB) Preview
[thumbnail of Larkina&al2021(elibrary_46668837_47228219).pdf]
Preview
This file may not be suitable for users of assistive technology.
Request an accessible format
Official URL
https://doi.org/10.18720/SPBPU/2/z21-43

Abstract

Using SNP analysis, genomic variation of the NCAPG-LCORL locus in chickens of 49 gene pool breeds and crossbreds from the Genetic Collection of Rare and Endangered Chicken Breeds was analyzed. Genotyping was performed using an Illumina Chicken 60K SNP iSelect BeadChip. As a result of SNP scanning, five significant SNPs were identified in the NCAPG-LCORL region in all breeds and crossbreds of the analyzed groups of chickens for GGA4. Cluster analysis of admixture models revealed a subdivision of individuals according to their origin at K = 5. Chickens of the egg and meat types formed two separate clusters, which is consistent with the results of genotype frequencies. When analyzing genetic differentiation between groups of chickens with different utility types on the basis of pairwise FST values, significant differences (p < 0.05) were found for the group of egg-type chickens in comparison with meat-type (0.330), dual purpose (meat-egg, 0.178), game (0.225 ) and dual purpose (egg-meat, 0.237) chickens, as well as for meat-type relative to fancy chickens (0.153). The results showed that the compared groups differ genetically from each other, which is confirmed by the data on genotype frequencies. The population specificity of the linkage disequilibrium structure at the NCAPG-LCORL locus was revealed for 11 chicken breeds.

В ходе исследования с помощью анализа однонуклеотидного полиморфизма (SNP) была проанализирована геномная изменчивость локуса NCAPG-LCORL у кур 49 генофондных пород и гибридных форм из «Генетической коллекции редких и исчезающих пород кур». Генотипирование проводили с помощью чипа Illumina Chicken 60K SNP iSelect BeadChip. В результате SNP-сканирования у всех пород и гибридов анализируемых групп кур на GGA4 в регионе, включающем NCAPG-LCORL, и в области рядом с этим регионом определено пять значимых SNPs, которые могут быть кандидатами для селекции с помощью маркеров (MAS). Кластерный анализ адмикс-моделей обнаружил разделение особей соответственно их происхождению при К=5. Куры яичного и мясного направления продуктивности сформировали два обособленных кластера, что согласуется с результатами частот генотипов. При анализе генетической дифференциации между группами кур различного направления продуктивности на основе попарных FST-значений отмечены достоверные различия (p < 0,05) для группы кур яичного направления продуктивности в сравнении с мясными (0,330), мясо-яичными (0,178), бойцовыми (0,225) и яично-мясными (0,237), а также для кур мясного направления продуктивности относительно декоративных (0,153). Результаты показали, что сравниваемые группы отличаются генетически друг от друга, что подтверждается данными о частотах генотипов. Выявлена популяционная специфичность структуры неравновесия по сцеплению (LD) по локусу NCAPG-LCORL для 11 пород кур.

Item Type: Conference or workshop item (Paper)
DOI/Identification number: 10.18720/SPBPU/2/z21-43
Additional information: In Russian; English abstract
Uncontrolled keywords: chicken breeds, NCAPG-LCORL, SNPs, genotyping, marker-assisted selection, LD, FST / породы кур, NCAPG-LCORL, SNPs, генотипирование, MAS-селекция, LD, FST
Subjects: Q Science > QH Natural history > QH426 Genetics
Q Science > QH Natural history > QH75 Conservation (Biology)
Q Science > QP Physiology (Living systems) > QP506 Molecular biology
S Agriculture > SF Animal culture
Divisions: Divisions > Division of Natural Sciences > Biosciences
Signature Themes: Food Systems, Natural Resources and Environment
Depositing User: Mike Romanov
Date Deposited: 06 Oct 2021 06:18 UTC
Last Modified: 23 Nov 2021 16:38 UTC
Resource URI: https://kar.kent.ac.uk/id/eprint/90624 (The current URI for this page, for reference purposes)
Larkina, Tatiana A.: https://orcid.org/0000-0002-7764-1338
Romanov, Michael N.: https://orcid.org/0000-0003-3584-4644
Barkova, Olga Y.: https://orcid.org/0000-0002-0963-905Х
Peglivanyan, Grigoriy K.: https://orcid.org/0000-0001-5194-4851
Mitrofanova, Olga V.: https://orcid.org/0000-0003-4702-2736
Dementieva, Natalia V.: https://orcid.org/0000-0003-0210-9344
Stanishevskaya, Olga I.: https://orcid.org/0000-0001-9504-3916
Vakhrameev, Anatoly B.: https://orcid.org/0000-0001-5166-979X
Makarova, Alexandra V.: https://orcid.org/0000-0002-3281-4581
Shcherbakov, Yuri S.: https://orcid.org/0000-0001-6434-6287
Pozovnikova, Marina V.: https://orcid.org/0000-0002-8658-2026
Griffin, Darren K.: https://orcid.org/0000-0001-7595-3226
  • Depositors only (login required):